براي او يكي از مهم‌ترين پرونده‌هاي دوران دادستاني‌اش پرونده "نوشين نفيسي" بود. اهميت پرونده نفيسي تا حدي بود كه لاجوردي در سخنراني توديع خود با اشاره به آخرين حضورش قبل از عزل در شوراي عالي قضايي مي‌گويد: «گفتم نوشين نفيسي را آزاد مي‌كنيد تا پدرش خوشش بيايد؛ اينكه مركزيت و محور آزاد شود و زيرمجموعه آن اعدام، ظلم است. چرا پنج رديف زير او اعدام بشود اما مركزيت آزاد بشود؟ اين ظلم است و اگر قرار است يك وقت خداي نكرده اين نظام جمهوري اسلامي لطمه بخورد، از ناحيه اين ظلم‌ها است. اينها ظلم است و ظلم قابل تحمل براي امثال من نيست.»
نوشين نفيسي فرزند دكتر ابوتراب نفيسي، پزشك مخصوص آيت الله منتظري است كه در سال 1338 در اصفهان متولد شده و در سال 1358 به عضويت گروه ماركسيستي پيكار در مي‌آيد. برادران نوشين نفيسي، سعيد و مجيد نيز از كادرهاي ارشد گروهك پيكار بودند.
"سازمان پیکار در راه آزادی طبقه کارگر" پس از کودتای خونین تغییر ایدئولوژی در سازمان منافقين توسط عناصر ماركسيست سازمان كه ارتداد خود از اسلام را مخفي نمي‌كردند، در آذرماه 1357 شكل گرفته بود و در طول سال‌هاي نخست انقلاب، همواره به انجام فعاليت‌هاي تروريستي عليه نظام مي‌پرداخت و از جمله گروه‌هايي بود كه در آشوب‌هاي كردستان و خوزستان نقش جدي ايفا كرد. بمب‌گذاري، غارت بانك‌ها، انهدام پل‌ها و جاده‌ها و تصرف پادگان‌ها در كنار جاسوسي و انتقال اطلاعات از طريق عواملي كه در كشورهاي ليبي، يمن جنوبي و عراق با آنها در ارتباط بودند، از جمله فعاليت‌هاي اين گروهك در شرايطي بود كه كشور درگير دفاع مقدس نيز شده بود؛ آنچنان كه اين سازمان خشن ترين سازمان كمونيستي در ايران پس از انقلاب اسلامي ناميده شده است.
تقي شهرام رهبر اين سازمان در تیرماه ۱۳۵۸ شناسايي و دستگير شد و برخي ديگر از اعضاي مركزيت سازمان نيز به مرور دستگير شدند و بدين صورت امكان ترقي برخي عناصر پائين تر به مركزيت فراهم شد. پس از خرداد 1360 و ورود مستقيم گروهك‌ها به جنگ مسلحانه با نظام، نوشين نفيسي به رهبري "جناح انقلابي" يا "جناح فراكسيون" راه كارگر،- پيكار مي‌رسد. نام مستعار او در تشكيلات ثريا بوده وبه همراه همسرش با نام مستعار حسين و بهمن محمودي با نام مستعار سياوش اعضاي رهبري جناح انقلابي پيكار را تشكيل مي‌دادند. در تابستان 1361 با شناسايي كامل اين گروهك، نوشين نفيسي، همسرش، بهمن محمودي و چند عضو ديگر بازداشت مي‌شوند.
شش ماه بعد بهمن محمودي و حسين و بسياري از اعضاي پائين دست اين گروهك به جرم كشتار مردم بي گناه به اعدام محكوم مي‌شوند. نوشين نفيسي نيز در دادگاه انقلاب محكوم به اعدام مي‌شود اما دخالت‌منتظري كه به عنوان قائم مقام رهبري اختيار عفو محكومان را داشت، سبب مي‌شود تا در اقدامي نادر، حكم اعدام او به آزادي تخفيف خورد.
در تاريخ 25/9/63، يوسف صانعي دادستان وقت كشور در نامه اي به آيت‌الله موسوي اردبيلي رئيس ديوان عالي كشور و رئيس شوراي عالي قضايي مي‌نويسد: «با توجه به سياست كلي فقيه عاليقدر حضرت آيت الله العظمي منتظري در رابطه با برخورد با افراد وابسته به گروهك‌ها و زندانيان و با توجه به عنايت خاص ايشان نسبت به جناب آقاي دكتر نفيسي حسب نقل آيت الله محمدي گيلاني و با عنايت به اين كه افراد نزديكي از اين خانواده محكوم به اعدام و حكم درباره آنها اجرا گشته و با عنايت به تعهد اسلامي و تخصص خود جناب آقاي دكتر نفيسي و با توجه به تعهد پيوست تقاضا مي‌شود. از محضر امام امت مدظله العالي دو درجه تخفيف براي محكومه نوشين نفيسي صبيه آقاي دكتر نفيسي درخواست شود. ا- مجازات اعدام او به 15 سال زندان 2- مدت حبس وي به 5 سال معلق شود . بديهي است پدرش حاضر به ضمانت هم مي‌باشد.» بدين شكل زمينه آزادي عضو مركزيت يك سازمان كه به جنگ مسلحانه با نظام پرداخته است، فراهم مي‌شود.
آيت الله موسوي اردبيلي نيز در نامه‌اي به شهيد لاجوردي دادستان انقلاب اسلامي تهران مي‌نويسد: «چون با پيشنهاد دادستان محترم كل كشور در جلسه شماره 636 – 25/9/63 شوراي عالي قضايي تصويب شده است، تخفيف مجازات اعدام محكوم نوشين نفيسي فرزند ابوتراب به پانزده سال حبس و تعليق حبس به مدت پنج سال موافقت و به تاييد حضرت امام خميني رهبر كبير انقلاب و بنيانگذار جمهوري اسلامي ايران رسيده است. مراتب جهت اقدام قانوني اعلام مي‌گردد.»
شهيد لاجوردي نيز در پشت برگه حكم آزادي نوشين نفيسي كه به وي ابلاغ شده بود، مي‌نويسد: «زنداني نوشين نفيسي يكي از خبيث‌ترين و متعصب‌ترين افراد نادري است كه در زندان تحمل كيفر مي‌نمايد، ولي با شيوه‌هاي منافقانه به دروغ خود را بريده نشان مي‌دهد. بديهي است كسي كه از مركزيت جناح انقلابي منشعب از پيكار مرتد محارب باشد، آزاديش چه مقدار براي جامعه خطرناك است، ولي چه مي‌شود كرد؟! چون دستور آزاديش صادر شده چاره اي جز آزاد كردن نيست. (گرچه با تمام وجود مخالف آزاديش هستم و معتقدم اگر قرار باشد مركزيت سازمان الحادي با آن همه جنايت و آمريت در كشتار مردم مسلمان و بي‌گناه و ... داشتن همه وزر و وبال اعضا و هواداران اعدام شده سازمانش، آزاد شود، پس ...؟!! خدايا تو شاهدي با ديدن اين نامه و تبعيض غيرقابل تصور مرگ خود را از تو خواستم!) لذا با سپردن كفيل و وثيقه‌اي معادل يك ميليون تومان آزاد شد. 2/10/ 63»
ممكن است در ذهن مخاطب چنين پرسيده شود كه چرا امام خميني در اين پرونده چنين حكمي را صادر كرده بودند. امام خميني در مقاطعي بيش از 40 مسئوليت از مسئوليت‌هاي خويش را به قائم‌مقام خويش واگذار كردند و در آنها دخالت نمي‌كردند كه از آن‌جمله اختيار عفو زندانيان بود. اين رويه امام سبب شد در زمان حيات ايشان عدم صلاحيت منتظري اثبات شود و خطري بزرگ از نظام جمهوري اسلامي دفع شود. يكي از اولين مواردي نيز كه امام از او سلب اختيار كردند، اجازه‌اي بود كه در عفو زندانيان طبق اصل 110 قانون اساسي بر عهده رهبر انقلاب گذاشته شده و امام به او تنفيذ كرده بودند.
آنچنان كه هاشمي رفسنجاني در خاطرات سهشنبه بيستودوم مهر 1365 خود نوشته است: «آقاي عبدالله نوري آمد و گفت آيت‌الله منتظري در عكسالعمل جريان بازداشت گروه سيد مهدي هاشمي، ملاقاتها را تعطيل كردند. مدتي كه در جلسه علني بودم، مراجعههاي زيادي از نمايندگاني در همين خصوص داشتم. نگراني شديدي در نمايندگاني كه مطلع شدهاند؛ بروز كرده است... نزديك غروب به منزل آقاي منتظري رسيديم. كمي پشت در معطل شديم. ظاهر اين بود كه ايشان مصمم بوده كسي را نپذيرد... ايشان از دستور امام در خصوص تعقيب گروه سيد مهدي هاشمي رنجيدهاند و دستور امام به اينكه ديگر عفو زندانيان با آقاي منتظري نباشد...»
