وی از محضر پربرکت آیات عظام حاج شیخ عبدالکریم حایری نایینی و آیت‌الله بروجردی خوشه چید و به مرتبه عالی اجتهاد نایل شد، آیت‌الله گلپایگانی علاوه بر تاسیس مدارس علمیه، مؤسسات خیریه، مراکز درمانی، فرهنگی و تربیت شاگردان مکتب جعفری به تالیف آثاری گران‌بها نیز همت گماشت که از زمره آن‌ها «حاشیه بر عروة الوثقی»، «حاشیه بر وسیلة النجاة»، «رسالة فی المحرمات بالنسب» و «رسالة صلوة الجمعه» است.
آیت‌الله گلپایگانی بعد از 30 سال که بر سکان مرجعیت تکیه داشت، در نهایت در روز جمعه 18 آذر ماه سال 1372 در سن 98 سالگی ندای حق را لبیک و به دیار باقی شتافت. آیت الله صافی گلپایگانی بر پیکر این مرجع تقلید در صحن بزرگ قم نماز گزارد و در کنار استادش (حائری) در حرم حضرت معصومه (س) به خاک سپرده شد.
شهریه طلاب
سال‌ها پیش از انقلاب برای ملاقات محروم آیت‌الله گلپایگانی رفته بودم، شخصی محضرشان رسید تا مبلغی حدود 200 هزار تومان سهم امام بپردازد، آقا پرسید:
- شغل شما چیست؟
- قصابم
- در کجا؟
- در تهران
- با گوشت‌های ذبح غیراسلامی و یخ زده‌ای که در این ایام وارد کشور می‌شود و به فروش می‌رسد، چه می‌کنید؟
- ما فروشنده‌ایم، کاری به حلال و حرام گوشت نداریم.
آیت‌الله گلپایگانی با تغییری که در رنگ و صورتشان پیدا شد، فرمود: چطور مسایل شرعی مربوط به شغل خود را یاد نگرفته‌ای و دست به این شغل خطرناک زده‌ای؟! تو غذای مردم را تامین می‌کنی!
قصاب گفت: مردم خودشان مسئول خوراکشان هستند.
فرمود: مردم به بازار اسلامی مراجعه می‌کنند و شما از این مصونیت سوءاستفاده کرده بازار حرام‌خوری آماده می‌کنید و ذبح غیراسلامی در اختیار مردم قرار داده و مردم را به حرام‌خواری عادت می‌دهید. پول‌ها را از برابر من بردارید!
قصاب گفت: چرا؟
فرمود: این پول‌ها مشکوک و اموال حرام است و شما مسئول باز گرداندن آن به صاحبانشان هستید.
پرسید، حضرت آیت‌الله من سهم امام و خمس می‌پردازم و امیدوارم خداوند از این طریق مرا ببخشد.
آیت‌الله گلپایگانی فرمودند: این نه سبب نجات تو می‌شود و نه من اجازه دارم که جهت حوزه علمیه و طلاب و برای نشر اسلام مصرف کنم، ما در حوزه علمیه به طلاب شهریه پاک می‌دهیم که سهم امام سلام‌الله علیه است که طلاب نماز شبشان فراموش نشود، این پول حرام نماز صبح طلاب را نیز به قضا و فساد می‌کشد!
