به گزارش مشرق به نقل از فارس، مهر ماه 1388، احمد توکلی و الیاس نادران و علیرضا زاکانی نمایندگان تهران در مجلس از محمدرضا رحیمی به خاطر جعل مدرک دکترا، دروغگویی و تملق و پرداخت پول به نمایندگان از منبعی نامشخص به کمیسیون اصل 90 شکایت کردند.
آنها همچنین رونوشتی از این شکایت را که در 7 بند تنظیم شده بود، جهت اطلاع برای محمود احمدی‌نژاد رئیس جمهوری ارسال کردند اما در نهایت شکایت مذکور در کمیسیون مربوطه مسکوت ماند.
این بار نوبت معاون اول رئیس جمهور بود که اواخر سال گذشته از الیاس نادران نماینده تهران به دلیل طرح اتهام دخالت وی در پرونده تخلفات بیمه و استفاده از عنوان جعلی دکترا شکایت کند.
متعاقب این شکایت، نادران دو مرتبه به اتهام نشر اکاذیب و افترا به دادسرا احضار شد اما در نهایت شعبه 76 دادگاه کیفری تهران وی را از نشر اکاذیب مبرا دانست و رأی صادره برای او در خصوص افترا نیز از سوی دیوان عالی کشور تأیید نشد.
محمدرضا رحیمی همچنین از احمد توکلی رئیس مرکز پژوهش های مجلس به دلیل طرح "نامعتبر" خواندن مدرک تحصیلی وی و انتشار اسنادی در این زمینه در سایت خبری "الف" و طرح اتهام ارتباطش با یک شبکه فساد اقتصادی شکایت کرد.
اطاله رسیدگی به اتهامات مطرح شده در خصوص معاون اول رئیس جمهور موجب شد رئیس مرکز پژوهش های مجلس روز سه‌شنبه هجدهم بهمن ماه سال جاری در همایش "موقعیت بدر و خیبر" در مشهد از این موضوع انتقاد کند.
توکلی به استنکاف رحیمی برای حضور در دادگاه رسیدگی به فساد مالی در بیمه ایران و حضور بازپرس پرونده در دفتر وزیر دادگستری به منظور بازپرسی از وی اعتراض و برخورد دستگاه قضایی با این مقام دولتی را تقبیح کرد.
توکلی با تأکید بر اینکه در اسلام، قاضی نباید بین اقویا و ضعفا تبعیض قایل شود، حضور بازپرس پرونده نزد یک متهم ذینفوذ را خلاف رویه‌های دینی و قانون آئین دادرسی کیفری دانسته بود.
دفتر معاون اول رئیس جمهور در واکنش به اظهارات توکلی با انتشار اطلاعیه‌ای صادر و با طرح مسائلی در خصوص مدرک تحصیلی رئیس مرکز پژوهش های مجلس، وی را متهم به رانتخواری و زمین خواری کرد.
صدور این بیانیه شکایت توکلی از رحیمی را در پی داشت و نماینده تهران اعلام کرد "بر اساس مواد 112، 116، 120، 128 بخش اول از فصل چهارم قانون آئین دادرسی دادگاه‌های عمومی و انقلاب در امور کیفری، معاون اول رئیس جمهوری باید شخصاً و البته در صورت تمایل با وکیل خود در بازپرسی حاضر شده و به سؤالات بازپرس پاسخ دهد".
ماجرا اما به اینجا ختم نشد و حدود 10 روز قبل محمدرضا رحیمی شکایت جدیدی در شعبه 9 دادسرای ویژه کارکنان دولت (هنر و رسانه) علیه توکلی مطرح و او را متهم به نشر اکاذیب و افترا در نشست انجمن‌های اسلامی دانشجویان مستقل در مشهد کرد.
